2018年1月12日獲悉，浙江省發改委發布杭州市發展改革委上報的《關于轉報杭州至臨安城際鐵路工程余杭段初步設計調整的請示》（杭發改重點〔2018〕6號）及相關附件收悉。浙江省發改委浙發改設計〔2016〕93號文、浙發改設計〔2017〕68號文先后批復該工程初步設計及其變更，核定概算122.99億元。因工程余杭段4個高架站與杭瑞高速、102省道平行布置，距離不符合《公路工程技術標準》，公路管理部門要求將該段改為地下線或平行外移。經專家評審會論證，杭州至臨安城際鐵路工程余杭段外移不能同時滿足高速公路、省道遠期拓寬及噪聲源對居民樓環評的距離等要求，需將余杭段高架線調整為地下線（浙發改交通〔2017〕1079號）。結合杭州市政府、余杭區政府意見，經研究，現批復如下：
南湖新城站原位于杭瑞高速與杭泰北路交叉口東側的綠化帶內，為路側高架兩層島式車站，站后設停車線。現變更為地下兩層島式車站，站位向西微調至02省道與杭泰路交叉口，沿02省道東西向布置。原初步設計批復車站面積約為6500平方米，變更后面積約為23000平方米。
老余杭鎮站原位于杭瑞高速與城東路交叉口西側的綠化帶內，為路側高架兩層島式車站。現變更為地下兩層島式車站，站位向東微調至02省道與城東路交叉口，沿02省道東西向布置。原初步設計批復車站面積約為6500平方米，變更后面積約為13000平方米。
跳頭村站（不含）～南湖新城站區間，本區間原長2924米，為高架區間。南湖新城站變更為地下車站后，本區間分為高架段與地下段兩部分，區間線路沿02省道北側敷設，高架段長度約為1895米，地下段長度約為828米，采用明挖法施工，設1座聯絡通道。
南湖新城站～老余杭鎮站區間，本區間原長2502米，為高架區間。南湖新城站和老余杭鎮站變更為地下車站后，本區間相應變更為地下區間，區間線路沿杭瑞高速北側敷設，長度約為2432米，采用盾構法施工，設3座聯絡通道及1座中間風井。
老余杭鎮站～鳳新路站（不含）區間，本區間原長2018米，分為高架段與地下段兩部分。老余杭鎮站變更為地下車站后，本區間相應變更為地下區間，區間線路沿杭瑞高速北側敷設，長度約為1897米，采用盾構法施工，設3座聯絡通道。
變更后，核定本工程概算為1289810.39萬元，比原初步設計批復概算增加59936.95萬元，概算增加部分通過銀行貸款解決。
